ATENÇÃO: evite a consulta contínua de um CTe, caso continue retornando com o status em processamento, para não correr o risco de ter seu CNPJ bloqueado no sistema da SEFAZ.
Quando um documento CTe está com a situação/status "Em processamento", isso significa que a SEFAZ ainda não autorizou o documento. Ou seja, ela ainda está fazendo a leitura do CTe. Por isso, é preciso esperar alguns instantes, cujo tempo de retorno pode variar.
Para verificar se a SEFAZ já atualizou a situação do seu CTe, siga os passos (ver imagem abaixo):
Vá até a página de lista de CTes;
Selecione o CTe desejado que está com o status "Em processamento";
Clique no botão "Consultar".
Se aparecer a mensagem de documento autorizado na nova janela, sua operação de emissão estará concluída.