Olá, tudo bem?

Segue abaixo orientações de como emitir CT-e de Anulação para posteriormente emitir o CT-e de Substituição:

Passo 1 -   Na aba CT-e clica na "lupinha" ao lado do CT-e a ser anulado.

Passo 2 - Copie a chave de acesso do CT-e a ser anulado e depois clique em Duplicar CT-e (clique apenas uma vez)

Passo 3 - Volte pra tela/aba CT-e e perceba que o CT-e que você duplicou criou um outro CT-e idêntico ao duplicado, mas com numeração diferente... Continuação da numeração  ;)

Passo 4 - Clique na canetinha para editar este CT-e que foi criado

Passo 5 - Na Aba “Geral” mude a finalidade da emissão para "Anulação" e avance até a aba "Valores e Impostos"

Passo 6 - Na aba "Valores e Impostos" altere apenas o CFOP e avance para a aba "Avançado":

Obs.: Para operações dentro do estado, utiliza-se CFOP de anulação 1206
          Para operações fora do estado, utiliza-se CFOP de anulação 2206

Passo 7 - Na aba "Avançado" clique em "Anulação" e cole a chave de acesso do CT-e original (que copiou no início do passo a passo) e a data de hoje, depois clique em "Concluir":

Prontinho, pode emitir! ;)

OBS: Na hora de colar as chaves se der erro no control v ,cola clicando com o botão direito do mouse e colar.

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