Empresa principal
É a primeira empresa criada no emissor, durante a criação de um ambiente.
Empresa adicional
É qualquer empresa cadastrada no emissor de CTe/MDFe após o cadastro da empresa principal.
São empresas que possuem CNPJs diferentes, inclusive da empresa principal, como pode ver nesta imagem de exemplo:
Empresa filial
Já a empresa filial é uma extensão de uma empresa já existente.
O CNPJ de uma filial possui os oito primeiros dígitos iguais aos da empresa matriz (principal), como mostra o exemplo abaixo:
Veja também: