Passo 1 - Acesse a página de Dados gerais e tributação do CTe.

​Passo 2 - Na aba "Dados gerais", informe o percentual desejado no campo "Percentual de tributos (%)".

Observação: Essa informação vai ser inserida automaticamente em cada novo CTe emitido, mas você pode editar sempre que quiser ao preencher o documento.

Feito isso, clique em Concluir para salvar a configuração.