Passo 1 - Ao acessar o CTe, vá até Configurações, clique depois em "Dados gerais e tributação do CTe" e em seguida, clique em "Editar".

Passo 2 - Vá até a aba "Tributação" e depois clique no botão "Adicionar".

Passo 3 - Na nova janela, você pode configurar a tributação especial, conforme as necessidades da sua empresa e do transporte.

Feito isso, clique nos botões: Confirmar > Continuar > Concluir (no final da página).