"Rejeição: Documento autorizado ao XML duplicado no CT-e".

Essa mensagem indica que há CNPJs/CPFs duplicados nos autorizados do XML.

Acessar a área de autorizados no XML na página de edição do CTe e excluir os CNPJs/CPFs duplicados.

Passo 1 - Acesse a página de lista de CTes e clique no ícone de editar o documento que você quer corrigir.

Passo 2 - Clique em Avançado > Autorizados do XML. Em seguida, verifique qual CPF/CNPJ está duplicado e exclua da listagem, conforme mostra no exemplo abaixo.

Feito isso, clique em Concluir e tente emitir novamente o CTe.