Antes de emitir um CTe de Substituição de valor, verifique se o tomador do serviço (pessoa física ou jurídica) registrou o evento de Prestação de Serviço em Desacordo na Sefaz, que deve ser feito em até 45 dias.
O registro pode ser realizado neste site: Registro - Prestação de Serviço em Desacordo.
Passo 1 - Na página de lista de CTes, selecione o CTe que você deseja substituir o valor clicando na lupa.
Passo 2 - Ao acessar os detalhes do CTe escolhido, clique no botão Gerar CTe de substituição.
Passo 3 - Ao abrir uma pequena janela, clique no número do CTe ou no botão Ok.
Passo 4 - Na página de detalhes do CTe duplicado, clique no botão Editar.
Passo 5 - Vá para a aba Valores e na área de componentes do frete, edite o valores que você deseja substituir.
Passo 6 - Por fim, na aba Avançado, clique em Dados da carga > Substituição e confirme se a chave de acesso do CTe substituído está preenchida no campo indicado.
Pronto, agora é só clicar em Concluir para finalizar a emissão.